in-silico exploration of allergenic proteins

Currently, the three-dimensional structure of about 90 allergenic proteins has been resolved experimentally. This provides a valuable source for the in-silico investigation and manipulation of such molecules. When an organism is exposed to an allergenic protein an immune response is triggered, which depends besides other factors on the three-dimensional structure of the respective allergenic protein. By the application of in-silico methods such as investigation of solvent accessibility or electrostatics, modeling of homologs and isoforms, molecular dynamics or in-silico mutagenesis in combination with experimental results we aim to gain new insights in molecular mechanisms of allergy and to support the development of new vaccines.  

In-silico mutagenesis was successfully used to design hypoallergenic variants of the major birch pollen allergen. The approach is based on change-in-stability predictions. A current project is dedicated to improve the predictive power of the method by utilization of different machine learning algorithms in a multi-agent prediction system.

stability change prediction

A further project is dedicated to structurally characterize allergen families by multiple structure alignments (MSTA). In order to retrieve reliable alignments a meta-alignment method was implemented, which consults different MSTA programs and combines the single method results to a consenus alignment of improved accuracy.

multiple structure alignment

 

prediction of transcription factor binding sites

Understanding the regulation of gene activity is a central question in biology and has high impact in medicine. Many diseases are caused by malfunctions in gene transcription control or could be treated by interfering with the molecules involved. Transcription factors (TFs) are proteins which specifically interact with the DNA and regulate the transcription of genes. The identification of potential TF binding sites on the DNA by computational methods is a long standing goal in molecular biology and supports experimentalists to hypothezise and plan experiments.

D-Light screenshot

The outcome of the project is a standalone software and a web service, called D-Light, which is aviablable from here.

  • News
    In diesem Workshop soll das Auge neben dem Ohr eine wichtige Rolle spielen. Anhand von Übungen werden sich die TeilnehmerInnen in Kleingruppen der Thematik nähern und sowohl visuellen als auch akustischen Klang formen.
    Der weltweit wichtigste Muskelkongress, die European Muscle Conference (EMC) fand dieses Jahr in Budapest statt. Salzburg war mit Stefan Galler vertreten. Galler hatte die EMC-Konferenz 2014 in Salzburg ausgetragen und war nun wiederum Mitglied des Scientific Commitee´s in Budapest. Bei der feierlichen Kongresseröffnung hielt er einen Nachruf auf den 2018 verstorbenen Muskelforscher Caspar Rüegg.
    Das Thema der Panorama:Uni am 22.10., 19 Uhr, Panoramabar Lehen, ist "Wanted: Die Kreativität der Kunden. Oder warum die neuen Technologien die Geschäftswelt verändern".
    Alexander van der Bellen zeigte sich beeindruckt von den kritischen Beiträgen der Studierenden des Salzburger Erasmus Master-Studiums „Digital Communication Leadership“ (DC Lead). In einer Audienz am Freitag, 5. Oktober, trugen fünf Studierende ihre Visionen einer digitalen Kommunikationswelt in der Hofburg in Wien vor.
    Mo 22.10.2018, HS E.001 (Unipark) Dr. Eveline Brugger (St. Pölten) "Unsern juden gemainklich solich genad getan". Mittelalterliches Judenrecht und fürstliche Judenpolitik am Beispiel Österreichs
    Dr. Lorenz Aglas, senior scientist der Arbeitsgruppe von Prof. Fatima Ferreira (FB Biowissenschaften), erhält aufgrund der hervorragenden wissenschaftlichen Ergebnisse seiner Doktorarbeit mit dem diesjährigen “Ursula und Fritz Melcher Dissertationspreis 2018” der Österreichischen Gesellschaft für Allergologie und Immunologie (ÖGAI).
    Herr Prof. Dr. Christoph Schäfer (Alte Geschichte, Universität Trier) hält zu diesem Thema am 23. Oktober 2018 um 18.30 Uhr in der Abgusssammlung SR E.33, Residenzplatz 1, einen Vortrag.
    Die Leopold-Kohr-Akademie organisiert im September und Oktober 2018 zwei Veranstaltungen. Gemeinsam mit der Universität Salzburg betreibt die Einrichtung das Kohr-Archiv.
    Prof. Ruslan Mitkov, Professor für natürliche Sprachverarbeitung und Computerlinguistik an der Universität von Wolverhampton, UK, wird am Dienstag, 30. Oktober um 18 Uhr einen Vortrag zum Thema linguistic intelligence: computer vs. humans halten.
    Der Empfang findet am Mittwoch, 7. November 2018 an der Katholisch-Theologischen Fakultät, Universitätsplatz 1 (Salzburg) statt. 18:15 in der Kollegienkirche (Religionsverbindendes Gebet - gestaltet vom Afro-Asiatischen Institut Salzburg) 19:00 Empfang im HS 101 der Katholisch-Theologischen Fakultät (Universitätsplatz 1, EG)
    Einladung zur Lesung auf Französisch und Deutsch aus dem Roman "La concordance des temps", Mittwoch, 7.11.2018, 18:00 Uhr, Leselounge Fachbibliothek Unipark
    Konzertperformance im Rahmen des OPEN MIND Festivals WHAT'S LEFT / WHAT'S RIGHT in Kooperation mit ARGEkultur // Freitag, 09.11.2018 | 21.00 Uhr, Ulrike-Gschwandtner-Str. 5, 5020 Salzburg, Saal // www.w-k.sbg.ac.at/de/kunstpolemik-polemikkunst // Eintritt frei
    9.11.2018, 14.00 bis 17.30 Uhr, Bischofshaus, Kapitelplatz 2: Symposium "Stille Nacht. Weihnachten zwischen theologischem Anspruch und Populärkultur" und Ausstellungseröffnung "Stille Nacht, heilige Kunst" – Bilderzyklus von Johann Weyringer (Ausstellungsdauer bis zum 7. Dezember 2018). Veranstaltet von Erzdiözese Salzburg und Universität Salzburg, Theologische Fakultät (Organisation: Alexander Zerfaß).
    Im Rahmen der Vortragsreihe POLEMIK UND GENDER wird Ulrike Vedder vom Institut für deutsche Literatur der Humboldt-Universität zu Berlin am 14. November um 19h einen Gastvortrag im Unikpark Nonntal halten. // Erzabt-Klotz-Str. 1, E.002 (Agnes Muthspiel) // www.w-k.sbg.ac.at/de/kunstpolemik-polemikkunst
    Es ist wieder so weit, am 17. November 2018 findet das Konzert des Universitätsorchesters für dieses Semester statt.
    Politische Bildung ist in Österreich seit 1978 ein allgemeines Unterrichtsprinzip, also eine Bildungs- und Erziehungsaufgabe, die den Lehrkräften aller Schulfächer und Schulstufen obliegt. Die Ringvorlesung soll Wege aufzeigen, wie Demokratiebildung in verschiedenen Unterrichtsfächern funktionieren kann, sodass sich für Lehramtsstudierende und LehrerInnen unterschiedliche Perspektiven auf dieselbe grundsätzliche Herausforderung eröffnen.
    Herr Dr. Sven Th. Schipporeit (Institut für Klassische Archäologie, Universität Wien) hält zu diesem Thema am Mi, 21. November 2018 in der Abgusssammlungs SR E.33, Residenzplatz 1, einen Vortrag
    The workshop aims to examine the musicality of the body and vice versa the corporeality of music from a choreographic perspective. This approach corresponds with the extension of the concept of music as well as the questioning of performance traditions in the context of New Music, which also puts a stronger emphasis on the body.
    The relatively young democracy Poland, whose political climate has intensified considerably since the last elections, is also moving increasingly to the fore. Politically critical leaders of representative cultural organisations have been and continue to be replaced by the new administration, while independent creative artists appear to be able to find niches so far or already live outside the country.
    Vom 29.11. bis 01.12.2018 im Unipark Nonntal
    Am 6. Dezember 2018 finden an der Universität Salzburg die WTZ Training Days zum Thema Kommunikation, Dissemination und Verbreitung in H2020-Projekten statt.
  • Veranstaltungen
  • 20.10.18 KLANG-FORMEN
    23.10.18 Die Seeschlacht von Actium – Ein Sieg des Antonius?
    24.10.18 The Psychology of Cognitive Illusions
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