in-silico exploration of allergenic proteins

Currently, the three-dimensional structure of about 90 allergenic proteins has been resolved experimentally. This provides a valuable source for the in-silico investigation and manipulation of such molecules. When an organism is exposed to an allergenic protein an immune response is triggered, which depends besides other factors on the three-dimensional structure of the respective allergenic protein. By the application of in-silico methods such as investigation of solvent accessibility or electrostatics, modeling of homologs and isoforms, molecular dynamics or in-silico mutagenesis in combination with experimental results we aim to gain new insights in molecular mechanisms of allergy and to support the development of new vaccines.  

In-silico mutagenesis was successfully used to design hypoallergenic variants of the major birch pollen allergen. The approach is based on change-in-stability predictions. A current project is dedicated to improve the predictive power of the method by utilization of different machine learning algorithms in a multi-agent prediction system.

stability change prediction

A further project is dedicated to structurally characterize allergen families by multiple structure alignments (MSTA). In order to retrieve reliable alignments a meta-alignment method was implemented, which consults different MSTA programs and combines the single method results to a consenus alignment of improved accuracy.

multiple structure alignment

 

prediction of transcription factor binding sites

Understanding the regulation of gene activity is a central question in biology and has high impact in medicine. Many diseases are caused by malfunctions in gene transcription control or could be treated by interfering with the molecules involved. Transcription factors (TFs) are proteins which specifically interact with the DNA and regulate the transcription of genes. The identification of potential TF binding sites on the DNA by computational methods is a long standing goal in molecular biology and supports experimentalists to hypothezise and plan experiments.

D-Light screenshot

The outcome of the project is a standalone software and a web service, called D-Light, which is aviablable from here.

  • News
    Der diesjährige Dissertationspreis ging an den Mathematiker Dr. Markus Hittmeir für seine überragende Arbeit zum Faktorisierungsproblem.
    Die Österreichische Akademie der Wissenschaften vergab am 10. Dezember ihre diesjährigen Preise für exzellente Leistungen in der Forschung. Dipl. Ing. Dr. Volker Ziegler vom Fachbereich Mathematik wurde mit dem Edmund und Rosa Hlawka-Preis für Mathematik prämiert.
    Im Juli 2018 wurde dem internationalen Forschungsprojekt "Processing Instruction for L3 English: Differences between balanced and unbalanced bilinguals? (PI-BI-L3)" die Finanzierung durch das österreichische Bundesministerium für Bildung, Wissenschaft und Forschung (BMBWF) und das mazedonische Ministerium für Bildung und Forschung (MON) vom österreichischen Austauschdienst (OeAD) Wettbewerb für 24 Monate (Laufzeit: 01.07.2018 - 30.06.2020) zugesprochen.
    Im Rahmen der Filmreihe "Filmclub Horizonte" zeigt das Salzburger Filmkulturzentrum "Das Kino" am Giselakai 11 in Salzburg am 13.12.18 und am 10.1.19 die beiden Filme "Leto" und "Breaking the Limits".
    Dienstag, 18. Dezember 2018, 12:15 - 15:00 Uhr, HS 101 der Katholisch-Theologischen Fakultät (Universitätsplatz 1, Salzburg, EG) - Thema: Praxis als Anstoß zur Erkenntnis
    zugunsten von DEBRA Austria - Hilfe für die Schmetterlingskinder
    „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt: Am 24. Dezember 1818 stimmten Joseph Mohr und Franz Xaver Gruber zum ersten Mal „Stille Nacht, heilige Nacht“ in Oberndorf bei Salzburg an. Von hier nahm das Lied seinen Weg rund um die Welt und wird heute zu Weihnachten von rund zwei Milliarden Menschen in über 300 Sprachen und Dialekten gesungen.
    Tagung "Gleichheit in Europa" aus Anlass des 100. Jahrestages der Einführung des Frauenwahlrechts in Zentral- und Westeuropa
  • Veranstaltungen
  • 16.12.18 „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt
    17.12.18 „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt
    17.12.18 zugunsten von DEBRA Austria - Hilfe für die Schmetterlingskinder
    18.12.18 „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt
    18.12.18 zugunsten von DEBRA Austria - Hilfe für die Schmetterlingskinder
    19.12.18 „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt
    19.12.18 zugunsten von DEBRA Austria - Hilfe für die Schmetterlingskinder
    20.12.18 „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt
    20.12.18 zugunsten von DEBRA Austria - Hilfe für die Schmetterlingskinder
    20.12.18 "Probabilistic Laws from Deterministic Dynamics"
    21.12.18 „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt
    21.12.18 zugunsten von DEBRA Austria - Hilfe für die Schmetterlingskinder
    22.12.18 „Stille Nacht, heilige Nacht“ - ein Lied geht um die Welt
  • Alumni Club
  • PRESSE
  • Uni-Shop
  • VERANSTALTUNGSRÄUME
  • STELLENMARKT
  • Facebook-Auftritt der Universität Salzburg Twitter-Auftritt der Universität Salzburg Instagram-Auftritt der Universität Salzburg Flickr-Auftritt der Universität Salzburg Vimeo-Auftritt der Universität Salzburg