in-silico exploration of allergenic proteins

Currently, the three-dimensional structure of about 90 allergenic proteins has been resolved experimentally. This provides a valuable source for the in-silico investigation and manipulation of such molecules. When an organism is exposed to an allergenic protein an immune response is triggered, which depends besides other factors on the three-dimensional structure of the respective allergenic protein. By the application of in-silico methods such as investigation of solvent accessibility or electrostatics, modeling of homologs and isoforms, molecular dynamics or in-silico mutagenesis in combination with experimental results we aim to gain new insights in molecular mechanisms of allergy and to support the development of new vaccines.  

In-silico mutagenesis was successfully used to design hypoallergenic variants of the major birch pollen allergen. The approach is based on change-in-stability predictions. A current project is dedicated to improve the predictive power of the method by utilization of different machine learning algorithms in a multi-agent prediction system.

stability change prediction

A further project is dedicated to structurally characterize allergen families by multiple structure alignments (MSTA). In order to retrieve reliable alignments a meta-alignment method was implemented, which consults different MSTA programs and combines the single method results to a consenus alignment of improved accuracy.

multiple structure alignment

 

prediction of transcription factor binding sites

Understanding the regulation of gene activity is a central question in biology and has high impact in medicine. Many diseases are caused by malfunctions in gene transcription control or could be treated by interfering with the molecules involved. Transcription factors (TFs) are proteins which specifically interact with the DNA and regulate the transcription of genes. The identification of potential TF binding sites on the DNA by computational methods is a long standing goal in molecular biology and supports experimentalists to hypothezise and plan experiments.

D-Light screenshot

The outcome of the project is a standalone software and a web service, called D-Light, which is aviablable from here.

  • News
    Der Salzburger Politologe Andreas Dür erhält den Würdigungspreis des Landes Vorarlberg.
    International Workshop / 12th Meeting of the European Study Group of 19th Century American Literature 13.9. KEYNOTE: Marion Rust (University of Kentucky, Lexington, USA), “’How d’ye like my play?’ Getting the Jokes in Slaves in Algiers” (14.30H) im KunstQuartier, Bergstr. 12a, W&K-Atelier, 1. OG www.w-k.sbg.ac.at/de/kunstpolemik-polemikkunst/aktuelles
    45 Teilnehmer und 15 Vortragende aus aller Welt diskutieren derzeit im Rahmen des 20. Jubiläumssommerkurses der Salzburg Law School on International Criminal Law, Humanitarian Law and Human Rights Law aktuelle Probleme des Völkerstrafrechts.
    Dr. Christina Straub hält am 24. August 2018 um 11:00 Uhr im Hörsaal 421 der NW-Fakultät einen Gastvortrag zum Thema "Ecological genetics of resident Pseudomonas syringae on kiwifruit". Der Fachbereich Biowissenschaften lädt herzlich dazu ein!
    Montag 20.08., 12:30-15:00, Unipark Salzburg, Georg-Eisler-Saal
    Der Angst als Grundgefühl der Gegenwart, deren pathologischer Ausformung zu widerstehen sei, waren die Salzburger Hochschulwochen 2018 gewidmet.
    Wer gut schläft, lernt besser. Das hat jetzt eine Langzeitstudie an Schülern bestätigt. Konkret haben Salzburger Schlafforscher um Kerstin Hödlmoser in einem 8-Jahres-Vergleich herausgefunden, dass für das Festigen von Informationen im Schlaf ein ganz bestimmtes Hirnstrommuster eine Schlüsselrolle spielt.
    Am Samstag, den 22. September 2018 ab 11 Uhr stellt der Botanische Garten die Bilder der Künstlerin Karin Wimmeder aus. Nur bei Schönwetter, Ersatztermin: Samstag, 29. September 2018, 11 Uhr. Musikalisch untermalt von der Rhythmusgruppe "Schlagartig.org".
    Von 31.Juli bis 31. August 2018 zeigt das Literaturarchiv Salzburg die Ausstellung "Raus aus der Stadt! Hofmannsthal und das Junge Wien auf Sommerfrische". Dies ist der einzige außerhalb Wiens gezeigte Teil eines vom Ludwig Boltzmann Institut für Geschichte und Theorie der Biographie initiierten Ensembles von Ausstellungen mit dem Titel „Das Junge Wien. Natur plus X“ zur Autorengruppe Jung-Wien – Hugo von Hofmannsthal, Arthur Schnitzler, Richard Beer-Hofmann, Hermann Bahr und Felix Salten.
    Die 6. Salzburg Summer School findet vom 3. bis 4. September 2018 statt. Zwei Tage lang wird ein umfassendes pädagogisches Sommerfortbildungsprogramm für Lehrkräfte und Lehramtsstudierende aller Schulformen und Unterrichtsfächer angeboten. Anmeldungen sind möglich.
    Vom Hortus Medicus zur Pharmaforschung. Eine Ausstellung des Verbandes Botanischer Gärten 2018
    Am 6. Dezember 2018 finden an der Universität Salzburg die WTZ Training Days zum Thema Kommunikation, Dissemination und Verbreitung in H2020-Projekten statt.
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