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Publication of the Month - May 2020 for Maximilian Ganser and Thomas Hütter

"DeSignate: detecting signature characters in gene sequence alignments for taxon diagnoses"

Maximilian H Ganser, Thomas Hütter, Manuel Kocher, Merima Halkic, Sabine Agatha & Nikolaus Augsten

Abstract:  Species of prokaryotes and eukaryotes including plants, animals, fungi, and unicellular protists are described and named by taxonomists. These descriptions include species diagnoses which state all characters distinguishing a species from its closest known relatives. Diagnostic characters mainly comprise morphological differences while molecular differences are rarely included because efficient solutions are lacking. We therefore developed the software tool DeSignate in an interdisciplinary project between the Protistology Research Group (AG Agatha, Biosciences) and the Database Research Group (AG Augsten, Computer Sciences). DeSignate enables the detection and classification of diagnostic molecular characters in a user-friendly web interface which can subsequently be included in diagnoses. For the program see, https://designate.dbresearch.uni-salzburg.at/.

 

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New Videos

Videos on preparations for scanning and transmission electron microscopy of protists as well as on live observation of the model ciliate Paramecium sp. were produced by the AG Agatha; they are available under "Lehre".

Poster price for Michael Gruber at Meeting of NOBIS Austria

At the 13th annual meeting (November 28th & 29th 2019) of the Network of Biological Systematics (NOBIS) Austria in Salzburg, the poster of Michael Gruber with the title "Tintinnid's first top model: ultrastructural insights into the oral ciliature of Schmidingerella meunieri (Alveolata, Ciliophora)" was rewarded.

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Awardees: Susanne Affenzeller (best talk of a PhD student), Michael Gruber (AG Agatha; best poster), and Silvester Bartsch (best talk of a Master student).

With three talks and four posters at the European Congress of Protistology in Rome

The European Congress of Protistology takes place every four years and participants come not only from European countries, but also from North and South America, China, Japan, Korea, and India to name only the most dominant ones. This year, the congress took place in Rome, Italy, from July 28th to August 2nd. Sabine Agatha, Maximilian Ganser, and Michael Gruber presented their recent results in three talks (incl. one plenary talk) and three posters covering several mainly ultrastructural aspects of tintinnid ciliates, viz., the oral and somatic ciliature, the resting cyst, the extrusomes (capsules), and the lorica walls. Additionally, the findings on the diversity of tintinnids from the Northeast Pacific including supposedly new species was shown.

Our article is one of the top downloaded!

Our article "Redescription of Tintinnopsis everta Kofoid and Campbell 1929 (Alveolata, Ciliophora, Tintinnina) Based on Taxonomic and Genetic Analyses-Discovery of a New Complex Ciliary Pattern", published in the Journal of Eukaryotic Microbiology (65: 484–504; doi: 10.1111/jeu.12496), is one of the journal's top downloaded recent papers! This means: Amongst articles published between January 2017 and December 2018, our paper received some of the most downloads in the 12 months following online publication. Thus, our work generated immediate impact and visibility, contributing significantly to the advancement of your field.

"Microscopic Life in Soil" Unterrichtseinheiten für die 6. Klasse AHS Oberstufe konzipiert von Frau Mag. rer. nat. Susanne Riedl

Protozoen beeinflussen die Bodenfruchtbarkeit und somit die Nahrungsverfügbarkeit für den Menschen, indirekt über den Einfluss auf die Bakterienpopulation, die Hauptzersetzer der Streu, und direkt durch die Abgaben von Stickstoffverbindungen. Im Gegensatz zu Schulbüchern, welche sich üblicherweise auf Metazoen fokussieren und dabei die Protozoen außer Acht lassen, führt die vorliegende Diplomarbeit Unterrichtseinheiten ein, welche sich auf die spezifischen Anpassungen an den ephemeren Charakter des Bodens sowohl der Protozoen als auch der Metazoen konzentrieren und einen vereinfachten Einblick in das Bodennahrungsnetz liefern. Trotz ihrer mikroskopischen Größe sind Protozoen, insbesondere Ciliaten, einfach zu handhaben und liefern genügend morphologische Kennzeichen zur Unterscheidung der Hauptgruppen. Dementsprechend ist es für die Schülerinnen und Schüler möglich, ihre eigenen Hypothesen in den praktischen Einheiten bezüglich der Sukzession, des Nahrungsnetzes, dem Einfluss von Streu und der Wasserverfügbarkeit auf die Abundanz der Protozoen im Boden zu prüfen. Durch die Abdeckung dieser Themen fügen sich die Einheiten nicht nur perfekt in den Lehrplan der österreichischen höheren Schulen, sondern bieten auch die Möglichkeit eines aktiven und anschaulichen Erwerbens von Wissen und Kompetenzen. Mit Ausnahme der Mikroskope sind die Utensilien für die Einheiten kostengünstig und einfach zu beschaffen; die überwiegend angewandte Methode ist die „non-flooded petri dish“ Technik.  © Susanne Riedl

  • News
    Der Orientierungstag ist eine Informations- und Welcome-Veranstaltung, die Studienanfänger*innen den Einstieg ins Studium erleichtert.
    In diesem Semester gibt es ab 28.09.2020 keine persönliche Anmeldung zu den USI-Kursen, um eine unnötige Menschenansammlung zu vermeiden.
    Die armenische Religionsanthropologin Dr. Yulia Antonyan (Staatliche Universität Jerevan) und die österreichische Armenologin und Leiterin des ZECO Zentrum zur Erforschung des Christlichen Ostens, Univ.Doz.Dr.Dr.h.c. Jasmine Dum-Tragut Bakk.rer.nat., gehören zu den Siegern eines internationalen Forschungswettbewerb in Armenien.
    Kleine Unternehmen zwischen Handwerk, Dienstleistung und Industrie
    Die Starting Grants werden seit 2007 jährlich vergeben und ermöglichen herausragenden Forscher/innen die Durchführung innovativer Forschungsvorhaben. Die Förderpreise werden in hochkompetitiven Wettbewerben vergeben und stellen für die geförderten Forscher/innen eine bedeutende wissenschaftliche Auszeichnung dar. Dieses Jahr gingen 11 ERC Starting Grants nach Österreich, Forster erhielt den einzigen im Bereich Informatik. 13,3% aller Einreichungen wurden heuer vom ERC gefördert.
    Bereits zum 10. Mal vergab die PLUS in Kooperation mit der Kaiserschild-Stiftung die Dr. Hans-Riegel-Fachpreise im Bundesland Salzburg, heuer im Gesamtwert von 6600 Euro. Zum Jubiläum betonte Rektor Prof. Dr. Dr. h.c. Hendrik Lehnert: „Mit einer Dekade Nachwuchsförderung im MINT-Bereich setzte die PLUS früh einen richtungsweisenden Maßstab, der aktuell mit den MINT-Labs ausgebaut wird. Wegbereiter und Jurykoordinator Maurizio Musso hat neben vielen anderen die Kooperation fruchtbar mitgestaltet.
    Wichtige Termine und Informationen zur Anmeldung für die Kurse am Sprachenzentrum im Wintersemester 2020/21
    Auch historioPLUS musste sich, so wie viele andere auch, an die veränderten Umstände aufgrund von Covid-19 anpassen. Aus diesem Grund erscheint heuer der aktuelle Jahrgang etwas später als in den vergangenen Jahren.
    Seit fast 20 Jahren ist das Sprachenzentrum im Bereich Interkomprehensionsdidaktik tätig – Anlass genug, um namhafte Expert*innen im Bereich Mehrsprachigkeitsdidaktik zu vereinen, um den aktuellen Forschungsstand im Bereich Interkomprehension darzustellen. Das Ergebnis dieser Zusammenarbeit ist der Sammelband „Lehr- und Lernkompetenzen für die Interkompehension. Perspektiven für die mehrsprachige Bildung“ (Band 10 der Salzburger Reihe zur Lehrer/innen/bildung).
    Programmleitung und Gesprächsführung: Univ.-Prof. Dr. Sabine Coelsch-Foisner
    Gerade in Zeiten von Corona hat sich gezeigt, wie wichtig die digitale Unterstützung der Studierenden im Uni-Alltag ist. Das Projekt „On Track“ – auf dem Weg bleiben vereinigt digitale und soziale Welten. Es startet zum richtigen Zeitpunkt!
    Frequently Asked Questions (FAQ) zum Corona-Semester
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