Research

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Main research topics

Multi-omics and single-cell analyses: Molecular systems are being profiled on multiple layers and on the single-cell level. Interpretation of the resulting data requires multiple steps of bioinformatic processing and downstream exploratory analysis. We apply and develop computational methods that help with the analysis and interpretation of various -omics data including transcriptomics, proteomics, and epigenomics. (Krausgruber and Fortelny et al, Nature, 2020link)

Network biology: Biological regulation is often thought to occur in confined events and signaling pathways but has also been shown to form large and complex networks with extensive cross-talk. Network biology (based on graph theory) provides the computational and mathematical tools to study complex systems and to predict novel regulatory events and biological pathways. We apply network biology to better understand regulation within and between cells. (Fortelny et al, PLoS Biology, 2016link)

Machine learning: Big biological data require computational tools that can handle (and profit from) the availability of large datasets. Machine learning excels at learning complex relationships (for example to recognize cats in images), and provides a rigorous framework for predicting one type of data from another. We apply and develop machine-learning approaches tailored to studying biological systems and predicting across multi-omics data. (Fortelny and Bock, Genome Biology, 2020link)

Within these research topics, projects generally include:

  • Collaborations with experimental molecular biologists, to aid in the generation and interpretation of big datasets
  • Methods development of broadly applicable prediction and analysis tools
  • Software and database development for easy access to computational tools and data resources
  • Meta-analyses to answer broad biological questions and generate biochemically testable hypotheses

Applications to biological systems

JAK-STAT signaling (ongoing): Hierarchies and Monarchies in JAK-STAT signaling (link)

Neuroblastoma (ongoing): Collaboration with Sabine Taschner-Mandl at the St. Anna / CCRI in Vienna (link).

Structural cells / immunity (published): Structural cells are key regulators of organ-specific immune responses. (Krausgruber and Fortelny et al, Nature, 2020link)

Diabetes / drug treatment (published): Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets. (Marquina-Sanchez, Fortelny, Farlik, et al, Genome Biol, 2020link)

Leukemia (published): Chromatin mapping and single-cell immune profiling define the temporal dynamics of ibrutinib response in CLL. (Rendeiro and Krausgruber et al, Nat Commun, 2020 link)

Glioblastoma (published): The DNA methylation landscape of glioblastoma disease progression shows extensive heterogeneity in time and space. (Klughammer and Kiesel et al., Nature Medicine, 2018. link)

Protease biology (published): Network Analyses Reveal Pervasive Functional Regulation Between Proteases in the Human Protease Web. (Fortelny et al, PLoS Biology, 2014link)

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    Mit dem PLUS Talk wurde bereits 2020 ein neues Kommunikationsformat der Paris Lodron Universität Salzburg eingeführt. Im Rahmen dieses Formats treten Mitglieder des Rektorats zu bestimmten Schwerpunktthemen mit Mitarbeiterinnen und Mitarbeitern der PLUS, Studierenden und Vertreterinnen und Vertretern der Öffentlichkeit in Diskurs. Die Diskussionen finden LIVE statt und bieten Teilnehmerinnen und Teilnehmern die Möglichkeit, zu aktuellen Themen Fragen zu stellen.
    Am Mittwoch, den 17. März 2021 veranstaltet die PLUS einen virtuellen Tag der offenen Tür und lädt interessierte Schülerinnen und Schüler der Abschlussklassen herzlich ein. Alle Informationen dazu finden sich online unter www.uni-salzburg.at/openday.
    Nach Austausch mit dem Ministerium und in intensiver Beratung mit den Dekanen hat das Rektorat der Paris Lodron Universität Salzburg entschieden Prüfungen derzeit grundsätzlich nur mehr online durchzuführen. Dazu gelten folgende Punkte:
    Dialog und Befreiung in einer digitalen Zukunft - Ort und Zeit: Paris Lodron Universität Salzburg; 14.–16. Oktober 2021 - Ansprechpartner: markus.maier@stud.sbg.ac.at
    Herausforderungen gibt es im elementarpädagogischen Alltag zahlreiche, nicht nur in Coronazeiten. Die Kunst liegt im konstruktiven Umgang mit anspruchsvollen Situationen. Dem Thema „Lösungsorientiert mit Herausforderungen – kompetent und sicher – umgehen“ widmet sich der vierte Tag der Elementarbildung in Salzburg 22.01.2021, der aufgrund der pandemiebedingten Maßnahmen in digitaler Form stattfinden wird.
    Im Rahmen der Reihe „MUSIK & MEDIZIN“ organisiert der Kooperationsschwerpunkt Wissenschaft und Kunst im Jänner und Februar 2021 insgesamt drei Online-Vorträge:
    INTERDISZIPLINÄRE TAGUNG unter der Leitung von Reinhard Heinisch, Reinhard Klaushofer, Christoph Kühberger und Margit Reiter
    Prof. Dr. Hans van Ess (Vizepräsident der Ludwig-Maximilians-Universität und Professor am Institut für Sinologie) mit dem Thema "Neukonfuzianismus im 21. Jahrhundert" am Dienstag, den 19. Januar 2021 um 18:00 Uhr.
    10h /Online-Matinee mit Vortrag und Gespräch aus der Reihe „Artes“ mit Robert Brennan und Wolf-Dietrich Löhr.
    Im Rahmen der Reihe „MUSIK & MEDIZIN“ organisiert der Kooperationsschwerpunkt Wissenschaft und Kunst am 27. Jänner 2021 einen weiteren Online-Vortrag:
    Im Rahmen der Reihe „MUSIK & MEDIZIN“ organisiert der Kooperationsschwerpunkt Wissenschaft und Kunst am 3. Februar 2021 einen weiteren Online-Vortrag:
    Die Rechtsakademie an der Universität Salzburg bietet im Jänner 2021 drei Online-Seminare zu den Themen Update Wettbewerbsrecht (Kartellrecht und UWG) am Freitag, 15.1.2021, Update GmbH-Recht am Freitag, 22.1.2021 und Update Gewährleistungsrecht am Freitag, 29.1.2021, an.
    Hiermit möchten wir an den Call for Lectures erinnern, welcher noch bis 28.02. geöffnet ist. Bewerben Sie sich als Lektorin bei der ditact_women‘s IT summer studies, welche von 23.08.- 04.09.2021 an der Universität Salzburg stattfindet. Es ist uns ein großes Anliegen auch Nachwuchslektorinnen zu fördern.
    Mit dem „Award of Excellence“ werden die besten Dissertationen eines Studienjahres an österreichischen Hochschulen ausgezeichnet. Unter den Preisträgern ist Marina Pagano, Mitarbeiterin des FB Romanistik und Mitglied des Doktoratskollegs "Ästhetische Kommunikation".
    Knochen haben die außergewöhnliche Eigenschaft sich an äußere mechanische Einflüsse anzupassen und gezielt dort neues Material aufzubauen, wo es am dringendsten benötigt wird. Bereiche, die nur schwachen mechanischen Belastungen ausgesetzt sind, werden hingegen abgebaut.
    Das Land Salzburg schreibt in Abstimmung mit der Paris Lodron Universität Salzburg das neue Förderprogramm Digital Humanities aus. Unterstützt werden neue, innovative Forschungsvorhaben aus dem GSK-Bereich mit interdisziplinärer Ausrichtung, die sich mit dem Einsatz digitaler Technologien auseinandersetzen.
  • Veranstaltungen
  • 15.01.21 Wettbewerbsrecht
    19.01.21 Pecha Kucha - Ideen kurz & knackig präsentieren
    19.01.21 Neukonfuzianismus im 21. Jahrhundert
    20.01.21 Das doing menstruation in der Gesellschaft der Nachhaltigkeit
    20.01.21 Wie wirkt Musik?
    21.01.21 Friderike ›Zweig‹ und weibliche Intellektualität im frühen 20. Jahrhundert
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