Research

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Main research topics

Multi-omics and single-cell analyses: Molecular systems are being profiled on multiple layers and on the single-cell level. Interpretation of the resulting data requires multiple steps of bioinformatic processing and downstream exploratory analysis. We apply and develop computational methods that help with the analysis and interpretation of various -omics data including transcriptomics, proteomics, and epigenomics. (Krausgruber and Fortelny et al, Nature, 2020link)

Network biology: Biological regulation is often thought to occur in confined events and signaling pathways but has also been shown to form large and complex networks with extensive cross-talk. Network biology (based on graph theory) provides the computational and mathematical tools to study complex systems and to predict novel regulatory events and biological pathways. We apply network biology to better understand regulation within and between cells. (Fortelny et al, PLoS Biology, 2016link)

Machine learning: Big biological data require computational tools that can handle (and profit from) the availability of large datasets. Machine learning excels at learning complex relationships (for example to recognize cats in images), and provides a rigorous framework for predicting one type of data from another. We apply and develop machine-learning approaches tailored to studying biological systems and predicting across multi-omics data. (Fortelny and Bock, Genome Biology, 2020link)

Within these research topics, projects generally include:

  • Collaborations with experimental molecular biologists, to aid in the generation and interpretation of big datasets
  • Methods development of broadly applicable prediction and analysis tools
  • Software and database development for easy access to computational tools and data resources
  • Meta-analyses to answer broad biological questions and generate biochemically testable hypotheses

Applications to biological systems

JAK-STAT signaling (ongoing): Hierarchies and Monarchies in JAK-STAT signaling (link)

Neuroblastoma (ongoing): Collaboration with Sabine Taschner-Mandl at the St. Anna / CCRI in Vienna (link).

Structural cells / Immunity (published): Structural cells are key regulators of organ-specific immune responses. (Krausgruber and Fortelny et al, Nature, 2020link)

Diabetes / drug treatment (published): Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets. (Marquina-Sanchez, Fortelny, Farlik, et al, Genome Biol, 2020link)

Leukemia (published): Chromatin mapping and single-cell immune profiling define the temporal dynamics of ibrutinib response in CLL. (Rendeiro and Krausgruber et al, Nat Commun, 2020 link)

Glioblastoma (published): The DNA methylation landscape of glioblastoma disease progression shows extensive heterogeneity in time and space. (Klughammer and Kiesel et al., Nature Medicine, 2018. link)

Protease biology (published): Network Analyses Reveal Pervasive Functional Regulation Between Proteases in the Human Protease Web. (Fortelny et al, PLoS Biology, 2014link)

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    Die Digitalisierung hat zu einer enormen Verbreitung verschiedener Formen mobilen Arbeitens geführt. Corona hat hier einen zusätzlichen Schub gebracht und Homeoffice in Bereichen und für Tätigkeiten eingeführt, die vorher kaum vorstellbar waren.
    Die virtuelle internationale Tagung „Die Medialität des Briefes – diplomatische Korrespondenz im Kontext frühneuzeitlicher Briefkultur” findet am 29./30./31. Oktober mittels Webex statt.
    In der sozialpädagogischen Praxis sehen sich Mitarbeiter*innen (Akteur*innen) mit vielerlei Herausforderungen in komplexen, offenen sozialen Problemsituationen konfrontiert, denen es „fachlich“ und „qualitätsvoll“ zu begegnen gilt.
    Im Rahmen eines sechsjährigen Laserscan-Monitorings in den Hohen Tauern haben Geowissenschaftler aus Österreich, Deutschland und der Schweiz (GEORESEARCH, Universität Salzburg, TU München, Universität Bonn, Universität Lausanne) den Zusammenhang zwischen aktuellem Gletscherrückgang und Steinschlagaktivität untersucht.
    Buchneuerscheinung der MINT und Medien Didaktik der Universität Salzburg beim Waxmann Verlag.
    Der EPU Projekt Call 2020 ist ab sofort geöffnet! Einreichtermin ist der 17. November 2020 (12:00 Uhr).
    Der Fachbereich Slawistik lädt zusammen mit dem Kulturzentrum DAS KINO und dem Russlandzentrum zur fünften Kinoreihe mit ost- und mittelosteuropäischen Filmen ein. Im Rahmen des Filmklubs „Slawistyka, Slavistika, Cлавистика“ werden preisgekrönte aktuelle polnische, russische und tschechische Filme mit gesellschaftlicher und politischer Thematik gezeigt.
    Bis zum 31. Oktober ist die Bewerbung auf zwei Dissertationspreise (dotiert mit jeweils 2.000 Euro) möglich:
    Frequently Asked Questions (FAQ) zum Corona-Semester
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