in-silico exploration of allergenic proteins

Currently, the three-dimensional structure of about 90 allergenic proteins has been resolved experimentally. This provides a valuable source for the in-silico investigation and manipulation of such molecules. When an organism is exposed to an allergenic protein an immune response is triggered, which depends besides other factors on the three-dimensional structure of the respective allergenic protein. By the application of in-silico methods such as investigation of solvent accessibility or electrostatics, modeling of homologs and isoforms, molecular dynamics or in-silico mutagenesis in combination with experimental results we aim to gain new insights in molecular mechanisms of allergy and to support the development of new vaccines.  

In-silico mutagenesis was successfully used to design hypoallergenic variants of the major birch pollen allergen. The approach is based on change-in-stability predictions. A current project is dedicated to improve the predictive power of the method by utilization of different machine learning algorithms in a multi-agent prediction system.

stability change prediction

A further project is dedicated to structurally characterize allergen families by multiple structure alignments (MSTA). In order to retrieve reliable alignments a meta-alignment method was implemented, which consults different MSTA programs and combines the single method results to a consenus alignment of improved accuracy.

multiple structure alignment

 

prediction of transcription factor binding sites

Understanding the regulation of gene activity is a central question in biology and has high impact in medicine. Many diseases are caused by malfunctions in gene transcription control or could be treated by interfering with the molecules involved. Transcription factors (TFs) are proteins which specifically interact with the DNA and regulate the transcription of genes. The identification of potential TF binding sites on the DNA by computational methods is a long standing goal in molecular biology and supports experimentalists to hypothezise and plan experiments.

D-Light screenshot

The outcome of the project is a standalone software and a web service, called D-Light, which is aviablable from here.

  • News
    Am Do 23.11., 19 Uhr, spricht Alt-Bundespräsident Dr. Heinz Fischer über "Demokratie im Wandel". Veranstaltungsort der 38. Salzburger Vorlesung ist die Große Universitätsaula am Max-Reinhardt-Platz. Bitte um Anmeldung: hier
    Rund 200 Vertreter/innen aller österreichischen Universitäten und Hochschulen trafen an der Universität Salzburg zusammen, um Entwicklungen der internationalen Zusammenarbeit zu diskutieren.
    Am 22.11.2017 findet im Heimatmuseum Ebensee die Auftaktveranstaltung zu einem gemeinsamen Projekt der Universität Salzburg und des Frauenforums Salzkammergut zum Thema „Frauenarbeit im Blick – Die Geschichte der Arbeiterinnen in der Spinnerei und Weberei Ebensee“ statt.
    Das Universitätsfitnesszentrum präsentiert sich in neuem Kleide. Sechs Jahre nach seiner Eröffnung wurde es jetzt über den Sommer ausgebaut und deutlich vergrößert.
    Nutze die Gelegenheit zu echten Matchings bei Fair & Creative am 22.11.2017 - 11 Unternehmen, Institutionen, Startups wollen mit dir ins Gespräch kommen! 22.11.2017, ARGEkultur Salzburg, 14:00-18:00 Uhr
    „Reshaping European cities? – Exploring policies, practices and everyday realities concerning ‛Airbnbification’” am Fachbereich Geographie und Geologie.
    Am 14. November 2017 stellte die Universitätsbibliothek Salzburg ihre bereits sechste Publikation (»In Stein gemeißelt - Salzburger Barockinschriften erzählen«) in der Reihe uni:bibliothek mehr als 350 interessierten BesucherInnen in der großen Aula der Universität Salzburg vor.
    Durch die großzügige und freundliche Unterstützung der Galerie Thaddaeus Ropac (London/Paris/Salzburg) ist es dem Universitätslehrgang Kuratieren in den szenischen Künsten für den Lehrgang 2018 kurzfristig möglich geworden, ein weiteres Stipendium anzubieten.
    Dr. Thomas Berger wurde im Rahmen der 17. Österreichischen Chemietage, die vom 25.-28. September 2017 an der Universität Salzburg stattfanden, von der Gesellschaft Österreichischer Chemiker (GÖCh) ausgezeichnet.
    Am Samstag, den 11. November wurde an Rektor Heinrich Schmidinger der Kardinal-Innitzer-Würdigungspreis 2017 in der Kategorie „Geisteswissenschaft“ verliehen.
    Prof. Elisabeth Klaus und Dr. Anita Moser laden zu einem Symposium am Schwerpunkt Wissenschaft und Kunst (Berggasse 12) ein.
    Gastvortrag am Montag, 4. Dezember 2017, 18.30 Uhr mit Dr. Mathias Piana (Augsburg) in der Abguss-Sammlung SR E.33, Klassische und Frühägäische Archäologie, Residenzplatz 1.
    Do 23.11.2017, 17.15 Uhr, HS E.001 (Unipark) - Univ.-Prof. Dr. Gerhard Langer (Wien) - Dämonen in persischen und talmudischen Texten
    Die Forschungsgruppe Medienwandel organisiert zum Thema Fake News eine Veranstaltung mit zwei Podiumsdiskussionen im SN-Saal.
    ICANN gilt als die “Regierung” des Internet. Diese NGO stellt sicher, dass Zugriff und Abruf reibungslos funktionieren und sie vergibt die so genannten Top Level Domains. Ihre zentrale Position im weltweiten Netzwerk hat ICANN aber auch Kritik eingetragen – vor allem die Politik der Berücksichtigung einschlägiger zivilgesellschaftlicher Organisationen gibt zu reden.
    Dr. Maddalena Barenghi, Universität Salzburg, Fachbereich Geschichte, hält am 22.11. am Chinazentrum einen Vortrag über „Writing of Events Past to Understand the Ages to Come: An Introduction to History Writing in Imperial China“.
    Die achte Tagung der "Salzburger interdisziplinären Diskurse" zum Thema Von "schöner Vielfalt" zu prekärer Heterogenität. Bildungsprozesse in pluraler Gesellschaft findet am 30. November und 1. Dezember 2017 im HS 2.407 der School of Education im Unipark Nonntal (Erzabt-Klotz-Straße 1, Salzburg, 2. OG) statt.
    Ingrid Gilcher-Holtey, Uni Bielefeld, hält am 1. Dezember, 19.30 Uhr, einen Gatvortrag über den Künstler als Intellektuellen in der Tradition der Avantgarde (KunstQuartier, W&K-Atelier, Bergstr. 12a, 1. OG).
    Symposium - Freitag, 1. Dezember 2017, 14.00 - 19.30 Uhr, W&K Atelier, Bergstraße 12a, Salzburg. Flucht ist ein zentrales Thema in der medialen Berichterstattung Österreichs, findet aber seit einiger Zeit - und insbesondere seit Sommer/Herbst 2015 - auch in der zeitgenössischen Kunst und Kulturarbeit verstärkt Eingang.
    In der Frühen Neuzeit etabliert sich eine Vielzahl von Vermittlungsfiguren – zwischen Machtblöcken, Staaten, Konfessionen, Sprachen, Kulturen, Statusgruppen, Gattungen, Geschlechtern, Wissenschaften und Künsten.
  • Veranstaltungen
  • 22.11.17 Fair & Creative
    22.11.17 Sozialpädagogische Blicke
    22.11.17 „Writing of Events Past to Understand the Ages to Come: An Introduction to History Writing in Imperial China“
    23.11.17 The dual Minkowski problem
    23.11.17 Vermittlungsfiguren und Vermittlungskonflikte im 17. und frühen 18. Jahrhundert
  • Uni-Shop
  • PRESSE
  • VERANSTALTUNGSRÄUME
  • STELLENMARKT
  • Facebook-Auftritt der Universität Salzburg Twitter-Auftritt der Universität Salzburg Flickr-Auftritt der Universität Salzburg