in-silico exploration of allergenic proteins

Currently, the three-dimensional structure of about 90 allergenic proteins has been resolved experimentally. This provides a valuable source for the in-silico investigation and manipulation of such molecules. When an organism is exposed to an allergenic protein an immune response is triggered, which depends besides other factors on the three-dimensional structure of the respective allergenic protein. By the application of in-silico methods such as investigation of solvent accessibility or electrostatics, modeling of homologs and isoforms, molecular dynamics or in-silico mutagenesis in combination with experimental results we aim to gain new insights in molecular mechanisms of allergy and to support the development of new vaccines.  

In-silico mutagenesis was successfully used to design hypoallergenic variants of the major birch pollen allergen. The approach is based on change-in-stability predictions. A current project is dedicated to improve the predictive power of the method by utilization of different machine learning algorithms in a multi-agent prediction system.

stability change prediction

A further project is dedicated to structurally characterize allergen families by multiple structure alignments (MSTA). In order to retrieve reliable alignments a meta-alignment method was implemented, which consults different MSTA programs and combines the single method results to a consenus alignment of improved accuracy.

multiple structure alignment

 

prediction of transcription factor binding sites

Understanding the regulation of gene activity is a central question in biology and has high impact in medicine. Many diseases are caused by malfunctions in gene transcription control or could be treated by interfering with the molecules involved. Transcription factors (TFs) are proteins which specifically interact with the DNA and regulate the transcription of genes. The identification of potential TF binding sites on the DNA by computational methods is a long standing goal in molecular biology and supports experimentalists to hypothezise and plan experiments.

D-Light screenshot

The outcome of the project is a standalone software and a web service, called D-Light, which is aviablable from here.

  • News
    Die Universitätsbibliothek Salzburg (Hauptbibliothek und Fakultätsbibliothek für Rechtswissenschaften) öffnet Tür und Tor für die Öffentlichkeit und bietet ein vielfältiges Programm.
    Bei der Tagung zum Arbeitsrecht an der Universität Salzburg geht es um Themen wie "Flexible Gestaltung von Arbeitszeit und Arbeitsort", "Steuerliche Impulse zur Attraktivierung familienfreundlicher Maßnahmen" oder " Gleichstellungsanforderungen und unbezahlte Arbeit als Herausforderungen für das familienfreundliche Unternehmen".
    Herausragende vorwissenschaftliche Arbeiten wurden am 20. September mit den DR. HANS-RIEGEL-FACHPREISEN geehrt: Die Universität Salzburg vergab in Kooperation mit der Kaiserschild-Stiftung erneut Preise an SchülerInnen und Schulen im Bundesland Salzburg, heuer im Gesamtwert von 3550 Euro.
    Das Zentrum für Jüdische Kulturgeschichte an der Universität Salzburg bietet im Wintersemester 2017/18, Do 17-19 Uhr, HS E.001 (Unipark) eine öffentliche Vortragsreihe an. Den Eröffnungsvortrag am 5.10. halten Susanne Plietzsch und Armin Eidherr.
    Äußerst hoch ging es her beim Kick-Off des neuen Karriere Entwicklungsprogramms Karriere_Mentoring III der Universitäten Salzburg, Linz und Krems, welcher am 13. September in Gmunden stattfand. Neben qualifizierten jungen Wissenschaftlerinnen der drei Universitäten nahmen hochkarätige MentorInnen aus dem In- und Ausland an der Veranstaltung teil.
    Am 3. Oktober 2017 vergibt das Zentrum Theologie Interkulturell und Studium der Religionen der Universität Salzburg zum vierten Mal den Erwin Kräutler-Preis. Er geht heuer an die Theologen Sebastian Pittl (IWM St. Georgen) und Stefan Silber (Universität Osnabrück).
    Die Eröffnung der Ausstellung "Acrylmalerei - Radierungen - Mischtechnik • Elisabeth Jungwirth" findet am DO 28.9. in der Bibliotheksaula der Universitätsbibliothek statt.
    Eine demokratische Gesellschaft galt lange Zeit als selbstverständlich. Aber Globalisierung, ökonomische Krisen, populistische Bewegungen, soziale Spannungen und (inter-)kulturelle Konflikte sowie Extremisten stellen sie in Frage.
    Wichtige Termine und Informationen zur Anmeldung für die Kurse am Sprachenzentrum im Wintersemester 2017/18
    Der Fachbereich Erziehungswissenschaft veranstaltet die Summer School "Bildung des Subjekts" am Unipark Nonntal. Vortragende sind u.a. Winfried Böhm, Allgemeine Pädagogik, Uni Würzburg, und Michael Winkler, Allgemeine Pädagogik und Theorie der Sozialpädagogik, Uni Jena.
    Der Fonds zur Förderung wissenschaftlicher Forschung (FWF) hat das Forschungsprojekt „Preise und Löhne in Salzburg und Wien, 1450 bis 1850“ bewilligt. Die Leitung haben Professor Reinhold Reith, Universität Salzburg, und Professor Thomas Ertl, Universität Wien.
    Vom 26. - 28.9. gibt es an der Universität Salzburg die Orientierungstage für StudienanfängerInnen mit allgemeinen Informationen zum Studium. Veranstaltungsort ist die Große Universitätsaula.
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  • 25.09.17 Dr. Barbara Hofer (Geoinformatik)
    29.09.17 KLANGKÖRPER – KÖRPERKLANG. Experimentieren in Wissenschaft und Kunst
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