in-silico exploration of allergenic proteins

Currently, the three-dimensional structure of about 90 allergenic proteins has been resolved experimentally. This provides a valuable source for the in-silico investigation and manipulation of such molecules. When an organism is exposed to an allergenic protein an immune response is triggered, which depends besides other factors on the three-dimensional structure of the respective allergenic protein. By the application of in-silico methods such as investigation of solvent accessibility or electrostatics, modeling of homologs and isoforms, molecular dynamics or in-silico mutagenesis in combination with experimental results we aim to gain new insights in molecular mechanisms of allergy and to support the development of new vaccines.  

In-silico mutagenesis was successfully used to design hypoallergenic variants of the major birch pollen allergen. The approach is based on change-in-stability predictions. A current project is dedicated to improve the predictive power of the method by utilization of different machine learning algorithms in a multi-agent prediction system.

stability change prediction

A further project is dedicated to structurally characterize allergen families by multiple structure alignments (MSTA). In order to retrieve reliable alignments a meta-alignment method was implemented, which consults different MSTA programs and combines the single method results to a consenus alignment of improved accuracy.

multiple structure alignment

 

prediction of transcription factor binding sites

Understanding the regulation of gene activity is a central question in biology and has high impact in medicine. Many diseases are caused by malfunctions in gene transcription control or could be treated by interfering with the molecules involved. Transcription factors (TFs) are proteins which specifically interact with the DNA and regulate the transcription of genes. The identification of potential TF binding sites on the DNA by computational methods is a long standing goal in molecular biology and supports experimentalists to hypothezise and plan experiments.

D-Light screenshot

The outcome of the project is a standalone software and a web service, called D-Light, which is aviablable from here.

  • News
    Einblicke und Ausblicke zum Thema „Alt werden und gesund bleiben“
    An der Katholisch-Theologischen Fakultät der Universität Salzburg (Universitätsplatz 1, Salzburg) findet ein Symposium zum Thema "The Biographical Location of Interreligious Processes in the Life and Works of Raimon Panikkar (1918–2010) - a Centenary Symposium" statt
    Zum zweiten Mal beteiligt sich die Universitätsbibliothek Salzburg mit einer Führung durch das Universitätsarchiv an der Wissensstadt Salzburg.
    In einer Festveranstaltung im Wissenschaftsministerium wurde der Fachdidaktik Geographie und Wirtschaft am 18.5.2018 das Qualitätslabel RECC (Regional educational Competence Center) im Bereich GW & Geomedien verliehen - als einem von insgesamt 14 RECC's in Österreich und von nur zwei mit dem Fachbezug Geographie und Wirtschaft.
    Wang, Jiaxin, der Pekinger Dichter des Menschen, und sein deutscher Übersetzer Wolfgang Kubin, der Dichter des Verlorenen, sprechen und lesen gemeinsam zum Thema, was durch das Schreiben und Übersetzen gerettet werden kann. Das Gespräch findet auf Deutsch und Chinesisch statt.
    Von Essen bis Wickeln: Die Natur bestimmt den Rhythmus vieler Jungeltern. Damit Familienfreundlichkeit auch bei allen ankommt, hier einige Infos, wie und wo an der Universität Salzburg der Alltag mit Kleinkind leichter fällt.
    Ab sofort bis 3. Juli ist die Anmeldung zur ditact_women’s IT summer school der Universität Salzburg, die von 20. August bis 1. September am Unipark Nonntal und an der Fachhochschule Salzburg stattfindet, möglich.
    Renaud Dehousse is President of the European University Institute, a position held since 1 September 2016. Before coming to the EUI, he was Professor and Jean Monnet chair in EU law and European Policy Studies at Sciences Po Paris from 2005 to 2016, where he founded and directed the Centre d'études européennes.
    Vortragsreihe Erziehungswissenschaftliche Migrationsforschung in vergleichender Perspektive, Auftakt am 17. April 2018, 17.15–18.45 Uhr, HS Thomas Bernhard (Unipark)
    Michael Hochgeschwender (München) spricht am 30. Mai um 18h im Unipark Nonntal im Rahmen der öffentlichen Ringvorlesung AUFKLÄRUNG UND GEGENAUFKLÄRUNG: RELIGIÖSE POLEMIK GEGEN KUNST - KÜNSTLERISCHE POLEMIK GEGEN RELIGION über das Kunstverständnis des US-amerikanischen Fundamentalismus und untersucht das Verhältnis des Evangelikalismus zur modernen Musik und seine Stellung in der durch Hollywood geprägten Populärkultur. www.w-k.sbg.ac.at/de/kunstpolemik-polemikkunst/aktuelles
  • Veranstaltungen
  • 28.05.18 Präsentation des Stefan-Zweig-Handbuches
    29.05.18 Was bedeutet freie Kultur-, Medienarbeit und Projektarbeit?
    29.05.18 Entrepreneurship ABC: Innovationen in Ökosystemen
    29.05.18 Erziehungswissenschaftliche Migrationsforschung in vergleichender Perspektive
    29.05.18 Kanonische Texte
    29.05.18 Democracy in the EU: How much has changed?”
    30.05.18 Habilitationskolloquium Dr. Roland Reischl (Analytische Chemie)
    30.05.18 Kommunikationsprozesse zwischen Kunstschaffen und Öffentlichkeiten
    30.05.18 Give That Old Time Religion: Das Kunstverständnis des US-amerikanischen Fundamentalismus
    01.06.18 "Das Heilige: philosophisch und poetisch betrachtet. Der chinesische Dichter Wang Jiaxin im Gespräch mit seinem deutschen Übersetzer Wolfgang Kubin"
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