in-silico exploration of allergenic proteins

Currently, the three-dimensional structure of about 90 allergenic proteins has been resolved experimentally. This provides a valuable source for the in-silico investigation and manipulation of such molecules. When an organism is exposed to an allergenic protein an immune response is triggered, which depends besides other factors on the three-dimensional structure of the respective allergenic protein. By the application of in-silico methods such as investigation of solvent accessibility or electrostatics, modeling of homologs and isoforms, molecular dynamics or in-silico mutagenesis in combination with experimental results we aim to gain new insights in molecular mechanisms of allergy and to support the development of new vaccines.  

In-silico mutagenesis was successfully used to design hypoallergenic variants of the major birch pollen allergen. The approach is based on change-in-stability predictions. A current project is dedicated to improve the predictive power of the method by utilization of different machine learning algorithms in a multi-agent prediction system.

stability change prediction

A further project is dedicated to structurally characterize allergen families by multiple structure alignments (MSTA). In order to retrieve reliable alignments a meta-alignment method was implemented, which consults different MSTA programs and combines the single method results to a consenus alignment of improved accuracy.

multiple structure alignment

 

prediction of transcription factor binding sites

Understanding the regulation of gene activity is a central question in biology and has high impact in medicine. Many diseases are caused by malfunctions in gene transcription control or could be treated by interfering with the molecules involved. Transcription factors (TFs) are proteins which specifically interact with the DNA and regulate the transcription of genes. The identification of potential TF binding sites on the DNA by computational methods is a long standing goal in molecular biology and supports experimentalists to hypothezise and plan experiments.

D-Light screenshot

The outcome of the project is a standalone software and a web service, called D-Light, which is aviablable from here.

  • News
    We would like to kindly invite all members of the department, especially all doctoral and master students, to the YLSA/ÖGMBT Career day for Biologists next week wednesday (28.2.2018).
    Ab 1.3.18 findet am FB Arbeits- und Wirtschaftsrecht jeden Do zwischen 17.00 und 20.00 Uhr eine interdisziplinäre Ring-VO zum Thema „Migration, Arbeitsmarkt und Sozialpolitik“ statt, die das Thema Migration und die Frage nach angemessenen Antworten der Sozialpolitik auf die damit verbundenen Herausforderungen für Staat und Gesellschaft in insgesamt 13 Beiträgen aus historischer, politik- und rechtswissenschaftlicher Perspektive in den Mittelpunkt stellt.
    Mit dem 1.2.2018 startete das am Fachbereich Erziehungswissenschaft angesiedelte drittmittelfinanzierte Forschungsprojekt ‚TransMiK’. Das Akronym steht für ‚Transit’, ‚Migration’ und ‚Köln’, und nimmt Bezug darauf, dass unter der Thematik „Leben und Arbeiten in Köln“ vor Ort leitfadengestützte Interviews mit 150 MitarbeiterInnen des Flughafens Köln/Bonn aus dem Geschäftsbereich „Ground Services“ geführt werden.
    160 SchülerInnen folgten gespannt dem Thema „Von Cybermobbing, Hass-Postings & illegalen Downloads. Die strafrechtliche Sicht auf Cybercrime und andere Phänomene im WWW“. Der Strafrechtsexperte der Universität Salzburg Prof. Hubert Hinterhofer gab Auskunft, wann man sich strafbar macht und wie man sich schützen kann.
    Wichtige Termine und Informationen zur Anmeldung für die Kurse am Sprachenzentrum im Sommersemester 2018.
    Veranstaltet vom Fachbereich Philosophie KTH und der Internationalen Ferdinand Ebner Gesellschaft: am 8. und 9. März 2018 (Universität Salzburg, Europasaal in der Edmundsburg)
    Festvortrag im Rahmen des 17. Österreichischen Archäologentags am Montag, 26. Feburar 2018, 19 Uhr im HS 230 (Kapitelgasse 4) von Herrn Prof. Dr. Andreas Schachner (Deutsches Archäologisches Institut, Türkei).
    Patrizia Stoitzner hält am 5. März 2018 um 16:00 Uhr im Grünen Hörsaal (403) der NW-Fakultät einen Gastvortrag zum Thema "Skin dendritic cells in tumor immunity". Der Fachbereich Biowissenschaften lädt herzlich dazu ein!
    Von 7. März bis 27. Juni 2018 findet, jeweils am Mittwoch um 18.00-19.30h, im Unipark Nonntal mit Vortragenden aus unterschiedlichen Disziplinen die Ringvorlesung "Aufklärung und Gegenaufklärung: Religiöse Polemik gegen Kunst - Künstlerische Polemik gegen Religion" statt.
    DANIEL FULDA (Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg) eröffnet am 7. März um 18h im Unipark Nonntal mit seinem Gastvortrag die öffentliche Ringvorlesung AUFKLÄRUNG UND GEGENAUFKLÄRUNG: RELIGIÖSE POLEMIK GEGEN KUNST - KÜNSTLERISCHE POLEMIK GEGEN RELIGION
    Am Mittwoch, den 14. März 2018, lädt die Universität Salzburg Schülerinnen und Schüler, Eltern und Interessierte herzlich ein, sich über das vielfältige Studienangebot zu informieren. Das Programm finden Sie hier.
    Auch dieses Jahr organisiert das WissensNetzwerk Recht, Wirtschaft und Arbeitswelt gemeinsam mit dem Wiener Zentrum für Rechtsinformatik (WZRI) der Universität Wien die mittlerweile größte und bedeutendste wissenschaftliche Tagung in Österreich und Mitteleuropa auf dem Gebiet der Rechtsinformatik: das Internationale Rechtsinformatik Symposion IRIS. Abgehalten wird die Veranstaltung vom 22. bis 24. Februar 2018 in den Räumen der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität Salzburg.
  • Veranstaltungen
  • 24.02.18 Transformative Recovery? The European Recovery Program (ERP)/Marshall Plan in European Tourism
    26.02.18 Ausgrabungen in Boğazköy-Hattuša. Von der Bronzezeit bis in die römische Kaiserzeit
    27.02.18 WTZ Training Days: Kreativ zum erfolgreichen Geschäftsmodell
    01.03.18 Ringvorlesung Migration, Arbeitsmarkt und Sozialpolitik - Perchinig, Minderheitenprogramm
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