03.10.2018

15.10. - Gastvortrag: Immune cell signaling pathways through the lens of biology-inspired deep learning on single cell transcriptomes

Nikolaus Fortelny hält am 15. Oktober 2018 um 16:00 Uhr im Hörsaal 403 der NW-Fakultät einen Gastvortrag zum Thema "Immune cell signaling pathways through the lens of biology-inspired deep learning on single cell transcriptomes". Der Fachbereich Biowissenschaften und das ICA laden herzlich dazu ein!

Barrierefreiheit: Kurzbeschreibung des Bildes

Nikolaus Fortelny ist Postdoctoral Fellow in der Christoph Bock Group am CeMM - Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences in Wien.

Abstract:
Recent advancements in single cell technologies have led to the generation of sequencing data on thousands to millions of individual cells, numbers that are likely to scale up exponentially in the future. While the resulting datasets enable the study of biological systems at unprecedented detail, they also pose computational challenges in the integration, normalization, and especially interpretation of the data. The increase in scale of biological data is accompanied by rapid progress in the field of machine learning. Algorithms that rely on large datasets have reached human level in image recognition, complex games such as GO, and other tasks. In this talk, I will demonstrate how machine learning helped us to understand complex biological processes in a study of trans- and de-differentiation of pancreatic islet cells and a study of patient heterogeneity of drug responses in chronic lymphocytic leukemia. Complex machine learning algorithms such as deep neural networks are powerful predictors. However, the rules learned to generate predictions are often difficult to interpret in such black box algorithms. Their applicability could be significantly increased if it was possible to extract rules in addition to the predictions made. In the second part of this talk, I will demonstrate how interpretability can be enabled by integrating prior biological network knowledge into black box algorithms. Applied to a dataset of T cell receptor stimulation as well as the entire Human Cell Atlas, this modified algorithm learned rules that correspond to signaling proteins and pathways regulating cell state.

Univ.-Prof. Dr. Angela Risch

AG-Leiterin

Universität Salzburg

Billrothstrasse 11

Tel: +43 (0) 662 / 8044 -7220

E-Mail an Univ.-Prof. Dr. Angela Risch

  • ENGLISH English
  • News
    Der Sustainability Science Award der Ecological Society of America wird jährlich an Autoren von international bedeutsamen peer-reviewed Publikationen verliehen, die in den vergangenen 5 Jahren beispielhaft in herausragender Weise an Lösungswegen für Nachhaltigkeitsherausforderungen mitgearbeitet haben.
    Am Ende der Salzburger Hochschulwochen plädierte der scheidende Rektor Heinrich Schmidinger für einen zeitgemäßen Humanismus als Reaktion auf eine komplexe und unübersichtlich gewordene Welt. Wer der Sehnsucht nach Einfachheit nachgebe, läute die Stunde der Ideologien ein.
    Der Botanische Garten lädt ein zu einer kostenlosen Führung! Treffpunkt: Eingang zum Botanischen Garten. Dauer: ca. zwei Stunden. Die Führung findet bei jedem Wetter statt. Botanischer Garten, Hellbrunnerstrasse 34.
    Die 7. Salzburg Summer School findet vom 02. bis 03. September 2019 statt. Es wird ein umfassendes pädagogisches Sommerfortbildungsprogramm für Lehrkräfte und Lehramtsstudierende aller Schulformen und Unterrichtsfächer angeboten. Anmeldungen sind möglich.
    Demokratie und Rechtsstaat scheinen in Europa schon bessere Zeiten erlebt zu haben. Die jüngsten Entwicklungen in vielen Staaten weisen auf einen Abbau von Rechtsstaatlichkeit, Grundrechten und Demokratie hin.
  • Veranstaltungen
  • 20.08.19 Salzburger Apotheker-Kräutergarten
  • Alumni Club
  • PRESSE
  • Uni-Shop
  • VERANSTALTUNGSRÄUME
  • STELLENMARKT
  • Facebook-Auftritt der Universität Salzburg Twitter-Auftritt der Universität Salzburg Instagram-Auftritt der Universität Salzburg Flickr-Auftritt der Universität Salzburg Vimeo-Auftritt der Universität Salzburg