03.10.2018

15.10. - Gastvortrag: Immune cell signaling pathways through the lens of biology-inspired deep learning on single cell transcriptomes

Nikolaus Fortelny hält am 15. Oktober 2018 um 16:00 Uhr im Hörsaal 403 der NW-Fakultät einen Gastvortrag zum Thema "Immune cell signaling pathways through the lens of biology-inspired deep learning on single cell transcriptomes". Der Fachbereich Biowissenschaften und das ICA laden herzlich dazu ein!

Barrierefreiheit: Kurzbeschreibung des Bildes

Nikolaus Fortelny ist Postdoctoral Fellow in der Christoph Bock Group am CeMM - Research Center for Molecular Medicine of the Austrian Academy of Sciences in Wien.

Abstract:
Recent advancements in single cell technologies have led to the generation of sequencing data on thousands to millions of individual cells, numbers that are likely to scale up exponentially in the future. While the resulting datasets enable the study of biological systems at unprecedented detail, they also pose computational challenges in the integration, normalization, and especially interpretation of the data. The increase in scale of biological data is accompanied by rapid progress in the field of machine learning. Algorithms that rely on large datasets have reached human level in image recognition, complex games such as GO, and other tasks. In this talk, I will demonstrate how machine learning helped us to understand complex biological processes in a study of trans- and de-differentiation of pancreatic islet cells and a study of patient heterogeneity of drug responses in chronic lymphocytic leukemia. Complex machine learning algorithms such as deep neural networks are powerful predictors. However, the rules learned to generate predictions are often difficult to interpret in such black box algorithms. Their applicability could be significantly increased if it was possible to extract rules in addition to the predictions made. In the second part of this talk, I will demonstrate how interpretability can be enabled by integrating prior biological network knowledge into black box algorithms. Applied to a dataset of T cell receptor stimulation as well as the entire Human Cell Atlas, this modified algorithm learned rules that correspond to signaling proteins and pathways regulating cell state.

Univ.-Prof. Dr. Angela Risch

AG-Leiterin

Universität Salzburg

Billrothstrasse 11

Tel: +43 (0) 662 / 8044 -7220

E-Mail an Univ.-Prof. Dr. Angela Risch

  • ENGLISH English
  • News
    Durch einstimmigen Jurybeschluss wurde Ass. Prof. MMag. Dr. Jörg Paetzold mit dem Hanns Abele Preis der WU Wien für die beste Doktorarbeit der letzten fünf Jahre aus dem Bereich "wissenschaftliche Grundlagen der Wirtschaftspolitik" ausgezeichnet.
    Wissenschaftler der Uni Salzburg haben die internationalen Auswirkungen eines Brexit-Schocks auf ausgewählte Mitgliedstaaten der Eurozone und Großbritannien untersucht.
    Am 6.2. wurde Prof. DDr. DDr.h.c. J. Michael Rainer, Fachbereich Privatrecht, Dekan der Rechtswissenschaftlichen Fakultät, in Madrid in Anwesenheit des österreichischen Botschafters Mag. Christian Ebner der Preis „Ursicinio Alvarez“ des Spanischen Notariates für seine Verdienste um das Römische Recht verliehen.
    Auch dieses Jahr organisiert das WissensNetzwerk Recht, Wirtschaft und Arbeitswelt gemeinsam mit dem Wiener Zentrum für Rechtsinformatik (WZRI) der Universität Wien die mittlerweile größte und bedeutendste wissenschaftliche Tagung in Österreich und Mitteleuropa auf dem Gebiet der Rechtsinformatik: das Internationale Rechtsinformatik Symposion IRIS. Abgehalten wird die Veranstaltung vom 21. bis 23. Februar 2019 in den Räumen der Rechtswissenschaftlichen Fakultät der Universität Salzburg.
    Einblicke in die beseelt-geträumten Wunderwelten Nataliya Elmers bieten ihre in Öl und Acryl gehaltenen Bilder.
    Die Universität Salzburg und die Wissensstadt Salzburg laden am 26. Februar 2019 die breite Öffentlichkeit zum internationalen Open NanoScience Congress im Unipark Nonntal ein. Wissenschaftler/innen bieten Einblicke in aktuelle Forschungsprojekte, ob zu Nanosicherheit oder neuartigen Nanomaterialien. An dem Kongress wirken wesentlich auch die Schüler/innen aus dem Sparkling Science Projekt „Nan-O-Style“ mit. Sie präsentieren ihre Arbeiten zu Nanomaterialien in modernen Lifestyle Produkten.
    Already many years ago, the international research team of Angela Schottenhammer has been collecting and editing Chinese sources on maritime Asia.
    Der ONSC findet am Dienstag, 26. Februar 2019, von 9-13 h im Unipark Nonntal, Salzburg statt.
    Prof. Dr. Angela Schottenhammer is part of a multi-disciplinary, international team of scholars under the directorship of Professor Gwyn Campbell of McGill University that has been awarded a $2.5 million partnership grant funded by the Social Sciences and Humanities Research Council of Canada (SSHRC) to investigate six periods of historical and contemporary environmental (e.g. climate change, volcanism, monsoons, cyclones, drought) ...
    The (English-language) seminar on “Transnational Supply Chains and Domestic Human Rights Litigation” deals with legal questions that arise when human rights abuses in transnational supply chains give rise to domestic law suits.
    Wichtige Termine und Informationen zur Anmeldung für die Kurse am Sprachenzentrum im Sommersemester 2019.
    with an excursion to the European Space Agency and a visit to the new VEGA observatory
  • Veranstaltungen
  • 20.02.19 IRIS 2019
    21.02.19 IRIS 2019
    21.02.19 Orientation Week SoSe 2019: Unipark Bibliothek - Information und Führung (Deutsch)
    21.02.19 Orientation Week SoSe 2019: Unipark library - information and tour (English)
    21.02.19 Orientation Week SoSe 2019: Unipark library - information and tour (English)
    21.02.19 Orientation Week SoSe 2019: fortress tour
    21.02.19 IRIS 2019
  • Alumni Club
  • PRESSE
  • Uni-Shop
  • VERANSTALTUNGSRÄUME
  • STELLENMARKT
  • Facebook-Auftritt der Universität Salzburg Twitter-Auftritt der Universität Salzburg Instagram-Auftritt der Universität Salzburg Flickr-Auftritt der Universität Salzburg Vimeo-Auftritt der Universität Salzburg